為期13日的東京殘奧會曲終人散，今晚（5日）於新國立競技場閉門舉行的閉幕禮，其中阿富汗兩名運動員拉蘇利及胡達達迪排除萬難參與殘奧，並在閉幕禮齊登場任持旗手。
今屆殘奧閉幕禮主題為「前進：和諧的雜音」，意指融入差異的世界，依然充滿色彩，一開始由部分為殘障表演者的歌舞表演，藉以音樂和舞蹈傳遞可改變人生的「殘奧效應」，其後14歲的日本殘奧游泳金牌得主山田美幸等6人持日本國旗入場，升旗時由30名小朋友合唱團唱出日本國歌《君之代》。
今屆殘奧決出1668面獎牌，來自162個代表團持旗入場，各代表入場後均獲發一面小圓鏡，貼在仿照東京晴空塔的「天空之樹」大型模型上，象徵殘疾運動員的閃耀光芒，可讓所有人清楚看見。今屆兩名阿富汗殘奧選手、跳遠男將拉蘇利及跆拳道女將胡達達迪，因阿富汗局勢混亂未能趕及參加開幕禮，最終在國際殘奧會保護下得以由喀布爾輾轉來到東京參賽，二人齊於閉幕禮任持旗手出場，入場時向現場人士及鏡頭揮手，並展露笑容。日媒報道，二人之後將以難民身分接受澳洲政府保護。而以96金60銀51銅連續5屆蟬聯殘奧會獎牌榜第一位的中國隊，則由女子輪椅籃球銀牌得主張雪梅任持旗手。
東京都知事小池百合子將殘奧旗幟交予及國際殘奧委會主席帕森斯，他再將旗幟轉交予巴黎女市長伊達爾戈，象徵殘奧正式由下屆主辦城巿巴黎接棒，場內隨後升起法國國旗及奏法國國歌。帕森斯及東奧組委會主席橋本聖子先後致辭宣布殘奧圓滿結束。最後盛放煙花及場館顯示「巴黎見」字樣，由一眾殘疾人士合唱《What a Wonderful World》作結，新國立競技場的聖火徐徐熄滅，標誌着東京殘奧正式落幕。2024年巴黎殘奧口號為「前來共享」，將於2024年8月28日至9月8日舉行。
東京奧組委公布，殘奧會相關人士確診新冠病毒個案為301宗，連同東京奧運547宗相關病例，在一個半月兩大運動會共有848宗確診，當中有41名運動員染疫。