新型冠狀病毒疫情持續下，政府消息透露衛生署2019/20年度至3月耗用20億元抗疫，大部分用於應對新型冠狀病毒疫情。今日（26日）發布的《財政預算案》提出在2020/21年度再撥款10億元予衛生署，購買保護裝備等抗疫，按年減近一半。惟有醫生批評，衛生防護中心人手不足，且要應對即將回港的武漢港人，局方的撥款估算「太保守且太天真」。
政府消息指出，自1月出現疫情，衛生署透過調撥內部資源，2019/20年度在抗疫方面開支為20億元。2020/21年度衛生署撥款9.7億元繼續抗疫，加上港府「防疫抗疫基金」向醫管局撥款47億元，預料醫管局、衛生署兩個年度額外耗用約77億元抗疫。
公共醫療醫生協會會長馬仲儀稱，現時衛生防護中心人手極不足，加上即將迎接大批武漢港人回港，局方推算未來一年抗疫開支較目前少一半，「是太保守且太天真」。本身是醫生的立法會議員郭家麒亦稱，衛生署未來一年抗疫所需撥款，一定不少於這年度的20億元，批評政府對衛生防護中心的支持是「得把口」。
政府消息解釋，新撥款項料足夠應付未來4個月的疫情，希望入夏後疫情減退；若疫情持續發展，政府會在資源上再配合衛生署。