由政府撥款798億元委託港鐵興建、全長17公里的沙中線，當中非過海段「大圍至紅磡段」及過海段「紅磡至金鐘段」，預料需延至2019年及2021年完工。港鐵最新向立法會提交的文件顯示，由於沙中線工程複雜，加上現時「紅磡至金鐘段」工程只完成約三成，餘下七成工程仍受多項因素影響，為提供準確的主要工程費用估算，港鐵需留待2017年下半年，才可作出更切實的評估。但港鐵再次預告，因沙中線工程的應急費用不足以應付額外開支，港鐵當完成審核額外費用後，會適時向立法會尋求增加撥款，以繼續推展工程。
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港鐵早前曾表示會於今年第二季，完成審核對沙中線整體工程造價的最新估算；而目前港鐵為沙中線預留的應急費用約為60億元。港鐵表示，沙中線工程是大型地下基建工程，施工階段不時遇到各種困難及挑戰，個別工程合約難免出現與原先計劃有所偏差的情況，港鐵已因應工地實際情況調整工序，並針對個別工序增加人手和機械，冀克服困難。政府會密切監察工程進度，並適時檢討通車時間表。
港鐵又提及，為配合警方保安上的要求，沙中線位於灣仔北部的工地於5月16日至19日臨時封閉4天，港鐵及承建商已應路政署要求採取適當措施，盡量減低臨時封閉工地對工程的影響，而臨時封閉工地所引致的費用，會按工程合約條款和機制處理。港鐵又指出，截至3月底，港鐵共接獲359宗具理據的申索，申索金額約22.5億元，港鐵正與承建商商討申索內容及進行評估，期內已獲解決的申索共26宗，並已發放約4150萬元。
另外，連接金鐘至海怡半島的南港島線（東段）料於今年底通車，但港鐵最新文件交代稱，在金鐘站擴建工程當中，雖然支撐架工程的挖掘工程於去年12月完成，但因挖掘進度未能追回早前滯後的時間，影響到接續進行的車站擴建部分結構工程的進度。港鐵評估後，截至3月底，南港島線（東段）餘下的結構工程、機電和消防設施安裝工程，以及隨後由政府部門進行的法定檢測工作，將會非常緊迫，港鐵需提升效率，加快餘下工程的進度，以達到今年底通車的目標，否則將很大機會不能在今年底通車，路政署已要求港鐵提供更詳細資料，審視餘下工程安排的可行性。