機場三跑工程引致的海空安全備受關注。監機會召集人、中大地理與資源管理學系客座教授林超英今在網誌撰文，指機管局的海上交通影響評估顧問報告錯誤推算未來遠洋輪船的流量，低估海上交通意外的風險水平；顧問在評估工程引致海上交通意外風險時，犯下極度嚴重的錯誤，錯誤針對人均遇上海上事故的風險，而非指引所指發生海上事故的風險。林認為，有關風險應為「社會不可接受」的水平。
機管局回覆查詢稱，有關評估由專業顧問及海上交通專家進行，依照海事處於2004年制訂的「香港水域海上航行風險評估綜合研究」列出的方法原則而制訂，在港大型基建工程中獲廣泛採用。
林超英於網誌提到，去年7月，他就機場第三條跑道的填海工程提出反對，指出三跑會影響屯門龍鼓水道的海上安全。地政總署其後於去年11月及今年1月中回覆林，要求林撤回反對，並附上「兩份機管局的機密海上交通影響評估顧問報告」。
林指出，細閱有關報告令他更加堅決反對填海工程，因顧問錯誤理解相關指引，以至將填海工程引致的海上交通意外風險界定為「社會可接受」的水平。林認為顧問在計算風險水平時犯下極為嚴重的錯誤，低估海上意外頻率高達5個量級，有關風險實際上應為「社會不可接受」的水平。
林指出，在沒有取得內地當局的資料下，報告推算2030年龍鼓水道遠洋輪船的吞吐量增長率為61%至66%，惟單是蛇口貨櫃碼頭於09年至14年的吞吐量增幅已達51%，認為顧問低估吞吐量的增長率，以致同時低估海上意外風險水平。
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