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伙日團隊研究 採光學圖譜技術 中大助繪精準貓基因圖

【明報專訊】香港中文大學研究團隊與日本研究機構合作,採用光學圖譜數據生成和分析技術,建構完整美國短毛家貓基因組「AnAms1.0」,並於5月發布。新發布的貓基因組相比現有的完整度大幅提高,可用於研究貓的遺傳病,而醫學上,由於部分貓遺傳病機理與人類相似,亦有助理解人類基因組。

明報記者 林穎茵

有助研貓遺傳病及人類基因

是項研究由3家日本科研機構於去年發起,包括Anicom先進醫療研究所株式會社、日本國立遺傳學研究所及Kazusa DNA研究所。中大團隊早前曾與Kazusa DNA研究所合作,繪製全球首個野生大豆參考基因組,是次中大生命科學學院副教授陳廷峰及教授林漢明再度獲邀加入,建構美國短毛家貓的基因組。

陳廷峰說,美國科研團隊曾於2007年公布首個貓基因組,當時樣本來自阿比西尼亞貓(Abyssinian cat),品種遠古,其時科研團隊將基因組用作研究貓科動物包括獅、虎、豹等與馴化後的家貓在基因上相異之處;而是次研究目的為遺傳病分析,因此需要品種較近代的貓基因組,而美國短毛貓與現代貓品種有較接近的親緣關係,亦是日本最受歡迎的家貓品種之一,經篩選後,團隊決定分析兩歲大美國短毛貓「仙豆」的基因組。

舊圖譜4500碎片待補 新僅1個

阿比西尼亞貓的基因組「felCat9」研究歷時13年,最新的第9個版本中,仍有逾4500個DNA碎片未能組裝。由日港研究團隊發布的美國短毛貓基因組,目前僅餘1個DNA碎片有待組裝,完成度極高。

陳廷峰說,中大團隊在是次研究中擔當「助攻」角色,採用了他於10多年前在美國攻讀博士時有份開發的光學圖譜技術,花約一個月時間組裝DNA碎片,其間更成功解決逾30個錯處。陳說,以往組裝DNA碎片有如漫無目的地拼圖,「不知道拼圖成品長什麼樣子」,其光學圖譜技術就為拉直後的DNA「拍照」,「可看到拼圖的完成圖」,配合現有技術拼砌,可大幅提升完整度及準確度。

貓基因組將可用作遺傳病研究,而在醫學上,因部分貓遺傳病如心臟病、腎病等機理與人類相似,亦有助理解人類基因組。

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