環保團體綠色力量發現，東涌河下游和河口的原生魚類物種數目呈下降趨勢，而東涌河下游地區棕地及鄉村式發展帶來的污染持續，令東涌河水質變差。綠色力量促請政府嚴格做好保育措施，並主動巡查非法排污活動。
綠色力量於2018至2021年、東涌新市鎮擴展計劃工程開展前先後進行4次濕季魚類調查，並在2022至2023年工程進行期間再進行3次調查。調查發現於東涌河河口範圍，錄得的原生魚類物種數目，由工程前的19至33種，跌至工程期間的13至16種，跌幅約四成；河口接讓西河下游河段範圍，則由10至12種，跌至錄得6至9種，跌幅亦近三成。
綠色力量高級保育經理呂德恒指，原生魚類物種減少反映整體河道生物多樣性下降，估計由於工程平整土地時需移除植被，令表土容易藉雨水等進入河道，並在下游位置沉積，從而改變河道微生境，令魚類減少。他又說，曾在過去兩年發現下游出現水污染事件，認為河盆內的非法排污活動亦可能是魚類減少的原因。他期望當局在工程進行時，能嚴格做好保育措施，並盡快完成工程，以及主動巡查東涌河附近範圍的非法排污活動。
水質方面，綠色力量的最新結果顯示，東涌河源自大東山的支流「東河」下游水質持續惡化，河水內出現常見於工業污水的污染物，相信東河下游水質受附近村屋和棕地廢水污染嚴重，對東涌河生態帶來負面影響。綠色力量促請政府效法內地和外國做法，盡早建立以保育本地水生生物為基礎的水質指標，以有效監察水質對河流生物的影響。