最新一份審計報告發現，農業園第一期的發展有所延遲，建造費用亦有所增加，而農業園內有農地出現水浸問題，部分農場自租期開始後一直荒置，9個農場在首個租賃年未達目標產量。審計署建議漁護署要加強措施，確保租戶適時及盡用農場來生產，並提供適當協助。環境及生態局、發展局、漁護署及土拓署均同意審計署建議。
審計報告指出，立法會財務委員會於2020年7月批准1.766億元設立農業園第一期，政府於2021年5月預計第一期建造工程於2021年底至2023年期間分階段完成，但第一階段最終於2022年11月才完成工程並交付漁護署，較原訂預計完工日期遲約一年；截至今年1月，餘下工程的預計完工日期為今年中，即較目標完工日期遲約半年。
漁護署解釋，發展延遲由多個因素所致，包括在新冠疫情下勞工和物料短缺，物料亦延遲付運。土木工程拓展署就表示，建造工程進行額外優化工程，以進一步保護農地於原址的表層土壤，另外，從海外購置作農地復耕用途的所需機械延遲付運，亦令建造工程進度受負面影響。
建造費用方面，截至去年10月，農業園第一期的實際建造費用約為1.25億元，較原訂合約金額1.2億元高出約500萬元；截至2024年3月，土拓署料預算建造費用約為1.67億元，主要因為要進行優化工作以利便農業園的運作、為建造運輸道路進行優化工程、因應實際工地情况更改設計等。
審計署促改善租用農地及監察農場運作
農業園第一期第一階段的用地於2022年11月交付漁護署，截至去年11月已分為16個農場，當中15個農場已簽訂租賃協議，但農場備妥可供出租的日期，和租期開始之間相隔的時間需要約1至4個月不等，而有兩個農場出現水浸問題；13個農場已開始作物生產，當中10個農場平均有約66%農地荒置。產量方面，10個首個租賃年介乎去年12月21日至今年1月31日期間完結的農場中，有9個未達目標產量，不足率介乎15%至97%不等。審計報告表示，漁護署需要加強措施，確保農業園內的農地適時租出、租戶適時開始和盡用農場來生產作物。