政府5月底宣布邀請港鐵展開屯門南延線詳細規劃及設計，預料2023年動工，工程造價約114億元。港鐵就工程申請環境評估，在提交的工程簡介指出，屯門南延線將以高架橋形式興建，跨越屯門河道至屯門南，由於屯門河道的人工河岸可能是鷺鳥棲息地，工程或會滋擾鷺鳥及造成水污染。
港鐵指出，為建造高架橋橋墩，屯門河道的河岸或需進行臨時填土工程及興建圍堰，預期有可能造成水污染；施工期間產生的嘈音、眩光及人類活動，有可能對鷺鳥造成滋擾。
屯門南延線項目北面500米外的屯門鷺鳥林，現時是小量小白鷺的棲息地，港鐵預期工程不會直接影響該處鷺鳥林。港鐵稱，會將實施緩解措施，以減低對生態環境的潛在影響，包括豎立地盤圍板，以及使用較靜音建築機器、設置隔音屏障等。
港鐵又表示，屯門南延線其中一小段走線，料將座落屯門第44區埃克森美孚屋苑中央石油氣供應貯存庫的150米諮詢區內，該貯存庫已被界定為潛在危險裝置，但預期於區內施工的工人為數不多，故引致的潛在影響預期「很輕微」。