新型冠狀病毒目前仍未有統一稱呼，世衛及科學界稱之為「2019-nCoV」，國際病毒分類委員會（ICTV）將負責為這種病毒正式命名。委員會成員紐曼（Benjamin Neuman）稱，他跟另外10名成員兩周前已開始商討，花了兩日作決定，現已提交予一份科學期刊，希望在日內公布。
世衛及科學界現時將新型冠狀病毒稱為「2019-nCoV」，約翰霍普金斯健康安全中心助理教授沃森（Crystal Watson）承認現有名稱不容易使用，傳媒和公眾都在用其他名稱。她認為應盡快完成命名，因為若沒有官方名稱，人們會開始用諸如「中國病毒」（China virus）等名字，在社交媒體，非正式名稱更會很快被定型。
2015年5月，時任世衛衛生安全助理總幹事的福田敬二曾指出，某些病毒的命名會引起針對個別宗教、種族群體的歧視，亦會造成旅遊、商務、貿易障礙；而H1N1病毒因被稱為豬流感，結果埃及宰殺了全部活豬。世衛隨即推出指引，表示新病毒名稱應避免包含地域、人物、某種動物或食物名稱，新名應簡短而有描述性，如SARS（Severe Acute Respiratory Syndrome）。