早前審計報告指出，「屯門至赤鱲角連接路」兩項主要工程項目分別延遲近2年2個月、1年7個月，導致逾38億元額外開支。新任運輸及物流局長陳美寶今日（20日）於立法會公開聆訊表示，因海岸線橫移而延期的工程可實現同步通車，有信心屯赤路總開支可維持在422億元，佔核准工程預算約460億元的九成，整個工程項目不會超支。
陳美寶指出，審計報告所涉延期工程，即南連接路和大橋，亦實現了同步通車目標，又稱屯赤隧道總工程龐大複雜，共有8份相互關連的工程合約，現時最後兩份合約已經進入帳目結算階段，有信心不會超支。
陳美寶續指，當局接納審計報告中的所有有關建議，路政署會配合科技優化項目管理程序，並會採取措施改善配合工程的管理，降低產生配合問題的風險。
南面連接路水管改移工程導致額外940萬元開支。會計界黃俊碩批評署方此舉或令地盤工程人員有過大權力，承建商亦可以透過額外工程從中牟利，關注政府是否會在工程中訂立機制規管口頭更改令，如超過特定金額的更改必須出具書面更改令。路政署署長邱國鼎認同做法不理想，惟署方已在工程管理手冊列明不應以有關做法更改工程，強調政府未來會出書面更改令。陳美寶則指更改工程較緊迫，因此各方均同意提前施工，又指改動並非僅由一位工程師決定。