屯門南延線項目料2030年竣工，當中涉在屯門河上進行高架橋建造工程，有關工程預計大約2028年完工。港鐵項目建造主管（新界南）林偉德表示，高架橋將來會連接現有屯門站末端，部分工程或需在晚上接駁，如供電系統、路軌等，預計工程後期，即2027、2028年才進行相關接駁工程，暫未見會影響行車時間。
屯門南延綫項目會將由屯馬綫屯門站以高架橋向南延伸約2.4公里。鐵路高架橋段長佔約1.7公里，當中逾75%，即1.3公里在屯門河上方，包括一條長約250米的跨河鐵路橋。
港鐵公司總建造經理（第16區）潘建強指，為減低對屯門河的影響，高架橋會靠岸邊興建，亦會減少高架橋在屯門河道上的橋墩數目，以減少佔用河道面積。他說，傳統方法為橋墩下方的河中興建「樁帽」，是次工程則於橋墩上方建造「轉換樑」，毋須再於河內興建「樁帽」，減少在河道興建樁柱的施工程序，從而增強施工效率，又指跨河鐵路橋會有兩個「V型橋墩」，可承托約11000噸橋身結構，以減少橋墩數量，及減少阻擋河道景色。
至於噪音及河道污染問題，潘建強稱，會採用「隔泥幕」圍封施工地點，避免污水流入河道，亦會設隔音屏、以隔音物料包裹機械等。