新一份審計報告指，「屯門至赤鱲角連接路」兩項主要工程項目分別延遲近2年2個月、1年7個月，導致逾38億元額外開支。
審計署指，所涉的工程合約A和B均為設計及建造總價合約，分別涵蓋屯門至赤鱲角連接路南面連接路，以及屯門至赤鱲角連接路北面連接路海底隧道段的設計及建造。審計署提及，由於港珠澳大橋香港口岸海堤橫移，導致大幅工程更改，產生工程更改費用，其中政府三年間對承建商A發出9份更改令，指示追回進度措施、額外土地勘測工程等額外工程；又在四年間對承建商B發出21份更改令，指示額外工程，並修改屯門-赤鱲角隧道的設計。另外由於填海工程有所延遲，香港口岸填海工程合約承建商未能及時將對應工地移交予承建商A和B，致其無法按計劃進行合約A和B下的後續工程，產生延期完工費用和工程受阻費用。
審計署建議，政府應確保配合工程合約之間按時移交工地、並與所有相關方更有效地協調配合工程，加強項目管理規劃。
合約A於2013年6月展開，最終於2019年6月完成，產生額外開支約6.16億元，增加7.1%；合約B則原訂於2013年8月展開，最終於2020年6月大致完成，且該合約帳目截至今年8月尚未結算，最新產生額外開支32.149億元，增17.7%。