三隧分流次階段「分時段收費」將於下周日（17日）凌晨5時實施，私家車早晚繁忙時段改收「644」，即西隧收60元，紅隧東隧加至40元。運輸署長李頌恩預期，分時段收費實施後可達到更明顯的交通分流效果，紅隧及東隧的繁忙時段交通有望改善，估計紅隧車龍可縮減一公里、東隧車龍則可縮減0.5公里。李又預期，西隧車流可能會微升，但預計大致暢順並在可控範圍內。
運輸署總工程師（運輸策劃）李浩天表示，現時「易通行」系統可處理車流量為每小時約28萬架次，相等於所有收費隧道每小時最高約6萬架次4倍多。李指，現時有約99%車輛已獲發車輛貼，約92%車輛已開立「易通行」戶口，另有約73%已設定自動繳費。
運輸署早前在三條過海隧道來回方向，於「易通行」收費點或其鄰近位置新增「隧道費顯示屏」，被問及為何顯示屏不列實際時間，李頌恩回應稱，若列出實際時間或會出現「倒數效應」，導致駕駛人士因想節省收費而考慮駕駛速度，強調設計顯示屏時的首要考慮是交通安全。
被問到有多大信心政策可鼓勵駕駛者改變習慣提早出門及何時才可見到分流效果，運輸署助理署長（策略研究）梁世豪形容香港駕駛人士「好得意」，駕駛習慣互動性強，每當有新措施實施均會有不同反應，而且或會因應當日交通情況轉用另一路線，故預期實施首日及首周分流效果反覆，需以月計甚至半年才能適應新安排及建立新習慣，運輸署需待車流漸趨穩定才能分析市民對政策的接受程度。
另外，城巴昨指， 為配合「分時段收費」，計劃開辦兩條西隧過海巴士線，包括E12號線擬來往東涌及港島東，以及952E號線擬來往屯門（三聖）及港島東，新路線將於明年按西隧車流量及顧客需求開辦，在上班日繁忙時段為顧客提供更多交通選項及應付額外需求。
周日實施分時段收費後，駕駛人士可在運輸署「香港出行易」查看實時三隧收費，九巴昨稱指，當日其手機應用程式亦會更新，提供類似功能。