政府早前交代港鐵古洞站項目及屯門南延線項目財務安排，古洞站成本預算由當年預算35億元升至59億元；屯門南延線項目則估計需約158億元，較當年估114億元高近四成。實政圓桌田北辰批評古洞站工程預算短短2年內大增屬「離曬大譜」。港鐵解釋指，由於古洞站工程繁複，施工時間較長所致。
政府於立法會鐵路事宜小組委員會交代兩個項目的財務安排，港鐵總經理沈鵬摶指，古洞站工程需在現行維持鐵路服務的東鐵線上方施工，加上施工範圍受限於附近公共房屋及私人樓宇發展，故需延長施工時間。沈又表示，港鐵會利用附近羅湖貨運站，在夜間利用鐵路運送建築物料，及在非行車時間施工，以提升工程效率。
古洞站項目成本預算約為98億元，當中包括古洞站建造成本約59億元，以及北環線主線的詳細規劃與設計和部分前期工程的開支，預計約為39億元。當局指，項目造價上升的主因包括價格通脹、在設計過程中採納更詳細的風險評估及經核實的成本預算，以及更新的票務和非票務收入預測。
另外，會上亦有議員關注受屯門南延線項目影響的屯門游泳池，工程擬採取先重置屯門泳池，後興建車站的做法。議員謝偉銓及易志明均關注會否令工程時間延長。港鐵表示，了解到當區居民希望清拆泳池同時，已落成新泳池，故工程計劃循有關方向滿足需要。易志明希望當局及港鐵提供更多數據，包括若同步拆卸及重置新泳池，可為工程節省多少時間等。