內地官媒《人民日報》早前發評論文章，點名批評港大學生會抹黑「一國兩制」及抹黑學校推行國安教育。港大今日（4月30日）發聲明，稱港大學生會「近年行事日趨政治化，多次利用校園作為政治宣傳的平台，公開發表煽動性並可能涉及違法的言論，對大學作出失實指控」，校方強烈譴責其偏激言行。港大表示，必須釐清與學生會之間的法律責任，現決定不再代學生會收取會費；不再為學生會提供財務管理服務；收回學生會會址及其他設施的管理權，並會因應情況在有需要時採取進一步措施。
港大指出，《基本法》作為香港法治的基石，在保障大學學術自由、個人言論表達自由等的同時，亦有保護國家安全的條文的責任，「大學不是法外之地，亦有責任維護全體教職員和學生的福祉」。校方稱，不能容忍作為獨立社團的學生會一方面利用學校提供的服務和場所，另一方面漠視校方勸喻和整體港大社群利益，其所作所為給大學帶來違法風險。
中文大學2月底亦發「嚴正聲明」，宣布與中大學生會「割席」，並採取多項行動，包括要求學生會註冊為獨立社團或公司、暫停代收學生會會費等。