本報今日報道，港鐵內部文件披露，若港鐵與內地以合資方式營運高鐵，本港的車務控制系統需與廣州鐵路局「整合」，屆時廣州車務控制中心將統一調度兩地的高鐵列車。惟運輸及房屋局不認同說法，該局發言人指「有關報道不正確」，澄清按現時規劃，廣深港高鐵將來是以協議模式營運，而內地、香港雙方各自負責各自路段的列車調度。
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發言人表示，廣深港高鐵將來是以協議模式營運，香港方一直按此規劃，與內地主管部門和營運單位商討高鐵香港段將來開通的營運細節，強調現階段雙方並沒有計劃以合營模式營運廣深港高鐵。
根據國家高鐵線路的管理規範，高鐵的管理原則是各調度中心負責管轄範圍內行駛列車的調度，即分別由高鐵香港段設於石崗列車停放處及高鐵內地段設於廣州的調度中心負責監察及控制行駛於各自路段的列車。
發言人指設於石崗的調度中心會依據嚴謹的程序，獨立監察和控制在高鐵香港段管轄範圍內行駛的列車。
發言人解釋，雖然石崗及廣州的調度中心可透過調度集中系統取得兩地的列車運行資訊以配合列車調度，石崗及廣州的調度中心有需要時亦會就兩地的列車營運及調度安排進行溝通，但廣州的調度中心只會負責調度在高鐵內地段管轄範圍內行駛的列車，而不會負責高鐵香港段管轄範圍的列車營運及調度。
假若遇上緊急情況，發言人指石崗調度中心可停止在高鐵香港段管轄範圍的列車運作，而廣州調度中心並沒有在高鐵香港段管轄範圍內停止列車運作這個權力。
另外，發言人指出，全國高鐵網絡的訊號系統，均須符合CTCS-2規格（用軌道電路傳輸訊號）或較先進的CTCS-3規格（用無綫電傳輸訊號），廣深港高鐵將採用CTCS-3規格及CTCS-2規格的雙系統設計，提供雙重故障防禦，以達致高鐵香港段及內地段的無縫連接和安全營運。