中央智囊全國港澳研究會的定期刊物《港澳研究》刊登論文，討論香港本土意識以及港獨思潮形成。文章指出，將「本土」與「港獨」劃上等號是誤讀，指本土意識本是鄉土情懷，但被港獨分子操控利用。
2016年最新一期《港澳研究》刊登武漢大學兩岸及港澳法制研究中心執行主任祝捷的文章指出，香港本土主義，應看作香港居民對鄉土的歸屬感，是香港社會得以存續的基石。他認為，「本土」一詞原非貶義，反映的是人在自身成長、生活環境中形成，對地域和文化的熱愛，但港獨分子操控這種歸屬感，將「愛國」與「愛港」對立，達到「中港區隔」，這是被歪曲的本土意識。
祝捷續表示，由於港獨違背了基本法和「一國兩制」，謀求「香港獨立」，無法獲得香港市民支持，為了擴大市場，於是將「本土意識」、「身份認同」等口號加入其中，例如「本土民主前線」等組織，雖然打着「本土」和「民主」的旗號，卻做了不少破壞「本土」和「民主」的事情。
文章又稱，雖然香港回歸以後，香港本土意識受到兩地融合衝擊，但拒絕內地並非問題答案，反而會令香港走向封閉和衰落。「說到底，內地人不會危及香港本土文化，但港人焦慮、不自信和排外情緒會」。但對於如何在實踐上剝離香港本土主義和「港獨」之間聯繫，祝就坦言已超出本文範疇。
根據全國港澳研究會網頁，全國港澳研究會是在國家民政部註冊的全國性民間學術社團，由國務院港澳辦主管。2013年12月6日在北京成立。以統籌、協調「一國兩制」理論與實踐研究、加強港澳與內地相關領域學術交流合作為宗旨，發揮民間智庫功能。研究會設有政治與法律、經濟、社會與行政三個專業委員會。會長為國務院港澳辦原常務副主任陳佐洱。
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